第一、小规模纳税人不得抵扣进项税额，一般纳税人可以抵扣进项税额
小规模纳税人明显的一个特点就是无法抵扣进项税额，企业能对外开具发票，但是对外开具的发票无法来抵扣进项的发票，对于企业来说总体的成本比较高。小规模纳税人缴税的公式为：当期应纳增值税额=当期不含税销售额×征收率。
一般纳税人明显的一个特点就是能够抵扣进项税额，很多企业都会努力去成为一般纳税人，这样企业在经营过程中可以抵扣进项税额，能够降低企业的税务成本。一般纳税人缴税的公式为：当期应纳增值税税额=当期销项税额-当期进项税额。
第二、小规模纳税人和一般纳税人缴税的税率不同
一般纳税人使用的税率主要有几种，税率分别是13%、9%、6%以及0。小规模纳税人使用的征收率主要有以下几种，法定征收率3%；特殊征收率5%。
第三、小规模纳税人可以转为一般纳税人，一般纳税人不得转为小规模纳税人
一般来说，企业在刚刚成立的时候都是小规模纳税人，当企业的开票量达到一定的规模后，企业可以从小规模纳税人转变成一般纳税人。而一般纳税人不能转为小规模纳税人。