根据国家税务总局发布的《关于办理年度个人所得税综合所得汇算清缴事项的公告》（国家税务总局公告年第1号，以下简称1号文件）第四条规定，同时取得综合所得和经营所得的纳税人，可在综合所得或经营所得中申报减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除，但不得重复申报减除。
也就说纳税人当年同时取得了综合所得（工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得）和经营所得，在综合所得年度汇算清缴或经营所得年度汇算清缴时可以扣除——减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除。根据《个人所得税法》第十一条和第十二条规定，经营所得汇算清缴时间是每年的1月1日至3月31日，而综合所得汇算清缴是每年的3月1日至6月30日，因此，纳税人在进行两种所得汇算清缴前要选择在哪个汇算清缴时进行扣除。下面我们来分析一下。
情况一：经营所得为核定征收
根据《个人所得税经营所得纳税申报表（B表）》的填表说明，该表适用于经营所得查账征收的纳税人，对于经营所得核定征收的纳税人是不用进行汇算清缴。
因此，纳税人当年同时取得了综合所得和经营所得，减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除需要在综合所得年度汇算清缴时扣除。
情况二：经营所得为查账征收
根据1号文件规定，纳税人可以在经营所得汇算清缴和综合所得汇算清中进行年选择。
根据《个体工商户个人所得税计税办法》第十七条规定，个体工商户纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的生产经营所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。也就是说经营所得可以弥补亏损。
根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第三十条规定，个人所得税专项附加扣除额一个纳税年度扣除不完的，不能结转以后年度扣除。也就是说专项附加扣除只能在当年应用。
当年若经营所得是负数，建议在综合所得进行扣除；当综合所得或经营所得都要补税时，可以先进行试算，看哪一个补税少，就在哪一个所得中进行扣除。
原则一定要谨记，减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除只能扣一次！