纳税人开具增值税专用发票后，就需要按照发票上金额和税额计算缴纳增值税，同时以增值税为计税依据的附加税费也需要缴纳。
增值税方面，纳税人可以分为一般纳税人和小规模纳税人，两种纳税人身份应交增值税税额计算方式不同。一般纳税人增值税征税方式一般情况下采用一般计税方法，应纳增值税税额计算公式如下：
当期应纳税额=当期销项税额-当期进项税额
当期销项税额=不含税销售额×适用税率
一般纳税人开具增值税专用发票后，销项税额即发票上金额栏金额与税率的乘积，增值税专用发票上有具体税额，发票上的税额及对应计算公式中的销项税额。根据增值税具体应税行为，增值税税率分为1%、9%、6%以及零税率，销售货物，一般对应1%税率，某些农产品可以享受9%低税率；销售不动产，对外出租不动产，提供交通服务，邮政服务，基础电信服务适用9%税率；提供其他相关服务，销售无形资产一般适用6%税率。
当期进项税额实际为当期准予抵扣的进项税额，准予抵扣的进项税额一是满足取得合规抵扣凭证，包括增值税专用发票、机动车统一销售发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品销售发票、农产品收购发票，并在增值税综合服务平台进行了用途确认。二是需要用于准予抵扣增值税进项税额的情形，不得抵扣的情形包括用于免税项目、简易计税项目、集体服务、个人消费、属于非正常损失等。
对于小规模纳税人开具增值税专用发票的，不得享受免税优惠政策，根据《财政部税务总局关于对增值税小规模纳税人免征增值税的公告》（财政部税务总局公告年第15号）规定，小规模纳税人年4月1日至年12月1日，适用%征收率的应税销售额免征增值税；根据《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告年第5号）规定，小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额未超过15万元（以1个季度为1个纳税期的，季度销售额未超过45万元，下同）的，免征增值税。以上免税政策，针对开具普通发票或未开票销售额，若开具了增值税专用发票，则开具专用发票对应的应税销售额需要按照其不含税金额与适用征收率的计算缴纳增值税。
公司怎么报税？怎么给客户开发票？
注册公司现在变得越来越容易了，一般客户之间来往的业务多了，有开发票的需求了，许多人就开始注册公司开发票来增加业务量。而且现在注册公司的无纸化更加方便，在网上核名通过后，一周左右就可以拿到公司的执照了。
公司正常经营后发生了业务就会有客户要求对其开具发票等，以小编较了解的大兴区为例来介绍，现在网上申请发票监控得非常严了，一般普票和专票能批下来也就是五份或者十份，在原来时候发票批下来二十份左右也是很正常的，现在这种情况应该是税务要对虚开发票等现象严格控制，杜绝此现象发生。公司领用发票并开具之后才可以再在网上申请发票，而且份数也只能最多申请到两倍，现在申请发票如此麻烦使公司不得不在开具发票的时候更加谨慎，以防开错还要重开来浪费发票。
现在税务不仅仅在申请发票时严格控制，在开票金额上也全面监控，如果公司顶额开发票或者经常作废发票是很容易被税务设置协查的，现在把控得越来越严是因为要防止倒票公司等，所以在开发票时要严格注意这一类情况。还要值得注意得是现在公司一旦变更法人就会有协查，税务就会将国税网上的发票申请业务锁住，必须要带好相关材料约谈法人再解除权限才可以。而且现在有很多公司注册地址是高风险地址，即一个地址注册了好几家公司，这样的高风险地址也是不能批票的，因为公司是不在注册地址办公的，注册地址又是高风险的，税务那边担心开了发票之后有什么事情又找不到公司，所以就严格限制高风险地址的公司开票。
所以说，公司后不能就完全放任，也要时刻注意税务等方面有关公司的政策变化，来对此作出相应的改变，避免公司出现税务方面的问题，后期解决起来又很麻烦，这样也不利于公司的发展。