差额征税是以差额作为销售额，确认缴纳增值税，即纳税人以实际取得的全部价款和价外费用扣除支付给其他纳税人的规定项目金额后的余额为销售额计算缴纳增值税。主要适用于金融商品转让，旅游服务、航空运输服务、经纪代理服务、客运场站服务、劳务派遣服务、人力资源外包服务、融资租赁服务、融资性售后回租服务，建筑服务以及房地产企业销售房地产项目等。
差额征税的由来
采用差额征税的原因，主要是由于全面“营改增”后。由于时间性、政策性等原因，纳税人购进某些服务、无形资产以及不动产仍然存在一些无法取得进项专票的情形，这样就造成纳税人无法抵扣进项，为了避免重复征税，解决纳税人税负增加的问题，就引入了“差额征税”。
差额征税在税法处理角度上，实际上是把扣税转换为扣额，即从销售额中，把允许扣除的金额扣除掉，以差额来确认计算销项税额。在会计账务处理上，是单独设立了“销项税额抵减”用来核算一般纳税人因扣减销售额而减少的销项税额。
差额征税具体扣除项目
金融商品转让扣除项目为金融商品的买入价，注意不得扣除买卖交易中的其他税费；
经纪代理服务扣除项目为向委托方收取的政府性基金或行政事业性收费；
融资租赁有形动产扣除项目为两息（借款利息、发行债券利息）一税（车辆购置税），不包括本金；
航空运输服务扣除项目为代收的机场建设费和代售的其他航空公司客票或代收转付的价款；
客运场站服务扣除项目为支付给承运方的运费，注意只适用于一般纳税人；
旅游服务扣除项目为向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或个人的住宿费、交通费、餐饮费、门票费、签证费等；
建筑服务是指采用简易计税方法下，扣除支付给分包方的款项；
销售房地产项目（房地产开发企业）扣除项目为向政府支付的土地价款；
提供劳务派遣或人力资源外包服务扣除项目为代为支付的劳务派遣员工或企业员工的工资、福利费、社会保险费和住房公积金。
差额征税纳税申报
对于差额征税的一般纳税人，在增值税及附加税纳税申报时，有专门的一张表《增值税及附加税申报表附列资料（三）》（服务、不动产和无形资产扣除项目明细）填写相关扣除项目。其中，第一列“本期服务、不动产和无形资产价税合计额（免税销售额）”为本期实际发生的全部价款和价外费用的含税金额，第二列到第六列为“服务、不动产和无形资产扣除项目”，其中第二列“期初余额”为上期没有扣除完的金额，本期第六列“期末余额”即为下期的“期初余额”；“本期发生额”为本期扣除项目金额；“本期应扣除金额”为“期初余额”+“本期发生额”的合计数；“本期实际扣除金额”小于第一列“服务、不动产和无形资产扣除项目”，且小于第四列“本期应扣除金额”。
差额征税就是一种以扣额的方式，来降低企业税负，差额扣除的部分一般情况下，是代为收取的费用，比如代为收取的政府行政事业收费、代为收取的机场建设费、代为收取的交通费、住宿费等等。这些代为收取的费用，并不会增值，并不会给企业带来利润，税法原理上并不应确认为企业的收入，但是由于政策性、时间性的一些原因，对应的这部分支出又不能取得进项专票，从税额中扣除，所以计缴增值税时，就从销售额中予以扣除，以防止重复纳税。