个人独资企业通常从事经营活动，取得经营所得需要缴纳两个主要税种：
1、增值税：一般纳税人根据经营活动性质可能缴纳13%、9%或6%增值税，小规模纳税人可能缴纳3%或5%的增值税。
2、个人所得税：由于不是公司制企业，个人独资企业不缴纳企业所得税，而是直接缴纳个人所得税。但个人从个人独资企业取得的所得在个税法中归属于“经营所得”，和工资薪金属于完全不同性质的个人收入，缴纳个税也并不需要合并，而是各自计算各自缴纳。
个人经营所得缴纳是按照5%—35%超额累进税率计算缴纳，每季度个人独资企业向所在地税务机关申报预交，每年度办理汇算清缴，统一计算年度所得额和年度应缴税款。如果一个自然人同时设立多家个人独资企业或者还有其他合伙企业，年度还需要将来自于各个企业的经营所得合并申报纳税。
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